不同于真人电影,这部动画电影主角是“小黑蛛”迈尔斯·莫拉斯,故事线也是全新的,讲述的是他为了打破三代蜘蛛侠都曾经历的“救一个人还是整个宇宙”的命运魔咒,孤身对抗由蜘蛛侠2099领军的蜘蛛联盟的故事。而差评也集中于,这部电影只讲了一半故事,还有下半部。此外,影片的良好的口碑,也是吸引了不少新老观众的青睐。中国传媒大学教师王鹏提到:“这个柯南的剧场版,这个第六部(《名侦探柯南:贝克街的亡灵》),它本身是一个非常非常经典的(影片),而且在柯粉的口碑里是算排到至少前三的。所以很多人,无论是老粉丝抱着一种怀旧的心情去重温,因为当年没有机会在电影院去看,那么新的年轻观众听说这是最经典的一个柯南剧场版,所以也愿意去看一下。”